Vorgeschichte (Zusammenfassung)
Die Geschichte beginnt mit Jimmy, der Teil der berühmten Knuddeluff-Erkundergilde werden will. Doch ihm fehlt der Mut und er kehrt ein weiteres Mal ab. Auf einem Strandspaziergang trifft er auf ein bewusstloses Geckarbor mit Namen Max. Dieser hat bis auf seinen Namen und die Tatsache, dass er vorher ein Mensch gewesen ist, keine Erinnerungen an vorherige Ereignisse.
Jimmy trägt ein sogenanntes Reliktfragment bei sich, dessen Bedeutung er bisher nicht entschlüsseln konnte. Um dieses Mysterium und das von Max aufzulösen, beschließen beide, ein Erkundungsteam zu gründen und der Knuddeluff-Gilde beizutreten. Zusammen schreiben sie sich in der Knuddeluff-Gilde ein und nennen sich Team Mystery.
Jimmy und Max nehmen örtliche Aufträge an. Sie bergen einen Gegenstand aus einem Klippengebiet und übernehmen anfangs Wach- und Küchendienste. Eines Tages treffen sie auf die Brüder Marill und Azurill, das mit Hilfe von Traumato ein Familienerbstück bergen wollen. Als Letzterer versehentlich Max berührt, überkommt ihn eine Vision, in der Traumato Azurill, den jüngeren Bruder, bedroht. Tatsächlich stellt sich dieser als ein bisher unentdeckter Verbrecher heraus, woraufhin Jimmy und Max zur Rettung eilen. Beiden gelingt es und Traumato wird abgeführt.
Max erhält eine weitere Vision, als er und Jimmy einen ominösen Wasserfall erkunden sollen. Er sieht dieses Mal, dass ein anderes Pokémon schon vorher entdeckte, dass hinter diesem eine Höhle verborgen ist. Dieses Pokémon war Knuddeluff, welcher diese Erkundung bereits vergessen hatte.
In einigen Teilen des Kontinents Ekunda befinden sich sonderbare Artefakte, die Zahnräder der Zeit, welche den Strom der Zeit insgesamt sicherstellen. Allerdings bleibt die Zeit in ein paar dieser Gebiete stehen. Dies liegt daran, dass ein Dieb die Zahnräder der Zeit entwendet.
Unterdessen bereitet sich die Knuddeluff-Gilde auf eine Expedition zum geheimnisvollen Nebelsee vor, welcher eine weit verbreitete Legende ist. Erst durch eine weitere Vision kann Max den Schlüssel erkennen und die Gilde findet tatsächlich den Nebelsee, in dem ein weiteres Zahnrad der Zeit versteckt und von einem Pokémon namens Selfe bewacht wird. Die Gilde gibt das Versprechen, keinem von der Existenz des Zahnrads im See zu verraten und kehrt nach Hause um. Jedoch wird das Zahnrad der Zeit vom Dieb namens Reptain gestohlen, wodurch die Zeit auch in diesem Gebiet stehen bleibt.
Als die Identität von Reptain bekannt wird, begeben sich die Erkunder der Gilde auf die Jagd nach ihm und nach den verbliebenen Zahnrädern der Zeit, um diese zu beschützen. Unterstützt werden sie von einem bis dato unbekannten Erkunder namens Zwirrfinst, der sich direkt als Koryphäe und als hochintelligentes Pokémon herausstellt. Auf seinen Tipp hin werden verschiedene Orte auf die Präsenz eines Zahnrads der Zeit untersucht; Max und Jimmy werden in die Nordwüste geschickt. Obwohl sie nichts vorfinden, erhält Max das Gefühl, dass dort durchaus ein Zahnrad versteckt sei. Und tatsächlich finden sie auf einer zweiten Untersuchung unter Treibsand eine Höhle mit einem See, in dem sich ein Zahnrad befindet und das von Vesprit bewacht wird. Allerdings stößt auch Reptain hinzu und ihm gelingt es, das Zahnrad zu stehlen.
Zwirrfinst wird unterdessen auf Max‘ Fähigkeit aufmerksam. Er macht sich diese zunutze und lässt Max durch eine Vision den letzten Ort lokalisieren, an dem sich ein Zahnrad der Zeit befindet – Der Kristallsee, der von Tobutz bewacht. Dort können sie Reptain erneut stellen, abermals aber überwindet dieser sie und kann nur noch von Zwirrfinst davon abgehalten werden, das Zahnrad zu stehlen.
Es stellt sich heraus, dass sowohl Reptain als auch Zwirrfinst aus einer Zukunft kommen, in der der Planet gelähmt und sich somit in einem Zustand totaler Finsternis und totalen Stillstands befindet. Da Reptain einer Festnahme entgehen wollte, kam er in die Gegenwart um die Zahnräder der Zeit zu stehlen. Zwirrfinst wurde entsandt, um dem Einhalt zu gebieten. Mit ihm beschließen die Erkunder einen Schlachtplan, um Reptain endlich zu fassen. Und dieser gelingt und Reptain wird zurück in die Zukunft überführt. Bevor auch Zwirrfinst in diese zurückkehrt, packt er sich überraschenderweise auch Max und Jimmy und zieht sie mit sich.
Max und Jimmy erwachen in einer dunklen Zukunft auf, wo sie jedoch gefangen genommen werden. Zusammen mit Reptain sollen sie auf Geheiß von Zwirrfinst hingerichtet werden, doch können sie mit ihm fliehen. Während ihrer Flucht erklärt Reptain ihnen, dass die wahre Ursache für die Lähmung des Planeten im Zusammenbruch des Zeitturms liegt und dass Dialga, das Pokémon, das die Zeit kontrolliert, dem Wahnsinn verfallen und zu Schatten-Dialga geworden ist.
Reptain habe die Zahnräder der Zeit nach einer vorherigen Lokalisierung stehlen wollen, um sie in der Gegenwart in den Zeitturm einzusetzen, bevor dieser kollabiert – dies würde die Lähmung des Planeten verhindern. Schatten-Dialga, das nur noch an seine Selbsterhaltung denkt, hat Zwirrfinst entsandt, um Reptains Vorhaben zu verhindern. Doch Reptain war nicht allein – ein Mensch mit der Gabe des Dimensionalen Schreis hat ihn dabei unterstützt. Dieser Mensch war Max, der während des Übertritts von der dunklen Zukunft in die Gegenwart aufgrund eines Vorfalls in ein Pokémon ohne Erinnerung verwandelt worden ist. Sie werden von Zwirrfinst und Schatten-Dialga gestellt, doch können Max, Jimmy und Reptain mit Hilfe von Celebi, einer weiteren Verbündeten, aus der dunklen Zukunft zurück in die Gegenwart entkommen.
Wieder daheim angekommen beschließen Max, Jimmy und Reptain, wieder die Zahnräder der Zeit einzusammeln. Obwohl sie nach Reptains erster Tour wieder eingesetzt wurden, blieb die Zeit in den Gebieten nachwievor stehen, wie auch an mehreren Orten danach. Reptain schlussfolgert, dass die Lähmung des Planeten bevorsteht. Er beschließt, allein die Zahnräder zu sammeln, während Max und Jimmy versuchen sollen, das Verborgene Land ausfindig zu machen, in dem sich der Zeitturm befindet. Die beiden Erkunder holen sich Hilfe von der Knuddeluff-Gilde, nachdem sie von der Wahrheit überzeugt wurden. Ein altes Pokémon namens Qurtel kann auch tatsächlich von einem Schlüssel zum Verborgenen Land berichten, der sich als das Reliktfragment von Jimmy herausstellt. Knuddeluff erkennt das Symbol auf dem Fragment wieder und bittet ein Pokémon namens Lapras darum, Jimmy, Max und auch Reptain in das Verborgene Land zu befördern, da Lapras das einzige Pokémon ist, das den Weg dorthin über das Meer der Zeit kennt.
Im Verborgenen Land angekommen suchen die drei Pokémon das Regenbogen-Steinschiff auf, das mithilfe von Jimmys Reliktfragment aktiviert werden kann. Allerdings werden sie von Zwirrfinst nebst Gefolge gestellt, denen sie einen erbitterten Kampf liefern, in dem sich Reptain opfert und Zwirrfinst und seine Gefährten zurück in die dunkle Zukunft zieht, sodass sich Jimmy und Max allein zum Zeitturm aufmachen.
Nur knapp überleben die die Begegnung mit Dialga, das kurz vor dem Wahnsinn steht, da der Zeitturm beginnt einzustürzen. Sie setzen die Zahnräder der Zeit und wenden somit die Lähmung des Planeten ab und auch Dialga kommt wieder zu Sinnen. Er berichtet, dass die Zeit in allen Gebieten endlich wieder fließt und bedankt sich bei den beiden für die Rettung des Planeten.
Allerdings ist damit auch die dunkle Zukunft abgewandt, aus der Max gekommen ist. Infolgedessen löst er sich auf, sodass Jimmy mit gebrochenem Herzen allein nach Hause zurückkehrt. Dialga aber bedankt sich bei den beiden dadurch, dass er wenige Monate später Max und Jimmy eine neue Zukunft schenkt und Max damit in die Gegenwart holt, sodass sie wieder zusammen auf Erkundungen gehen können.
Das Team Mystery macht seinen Abschluss an der Gilde und kann als eigenständiges Erkundungsteam operieren. Sie machen Bekanntschaften mit diversen berühmten Persönlichkeiten und ziehen auch ein Pokémon namens Manaphy eine Zeit lang auf, ehe sie es in geeignetere Obhut geben.
Doch nach wenigen Monaten machen schlimme Albträume die Runde, aus denen die Pokémon nicht mehr aufwachen. Unterdessen werden Max und Jimmy in ihren Träumen von einem Pokémon namens Cresselia heimgesucht, das ihnen erklärt, dass die Verzerrung des Raumes diese Albträume hervorrufe. Als dann Azurill von Albträumen heimgesucht wird und das Team Mystery mittels Traumatos Hilfe in diese hineingelangt, werden sie von Cresselia damit konfrontiert, dass sie selbst die Verzerrung des Raumes verursachen, da sie in verschiedenen Zeiten unterwegs waren.
Diese Ansicht ist auch Palkia, das Pokémon, das den Raum kontrolliert, und greift das Erkundungsteam in der Nacht an. Doch erreicht auch ihn ein Albtraum, in das Max und Jimmy gelangen. Dort begegnen sie erneut Cresselia, doch werden sie von einer zweiten gerettet – die erste Cresselia stellt sich als Darkrai heraus.
Cresselia rettet sie vor Darkrai und klärt sie darüber auf, dass Darkrai es ist, der die Verzerrung des Raumes verursacht. Doch ist es nicht das Einzige, was er anstrebt. Darkrai hat sie (Max und Jimmy) herausgefordert, um sie zu töten. Denn sie waren es, die seinen ersten Plan vereitelt haben. Um eine Welt der Finsternis heraufzubeschwören, hat Darkrai die Lähmung des Planeten in Gang gesetzt, indem er den Zeitturm manipulierte und zum stetigen Zusammenbruch verhalf. Er hat auch verhindern wollen, dass Max und Reptain aus der dunklen Zukunft in die Gegenwart kamen, um dies zu verhindern. Er hat Reptain angegriffen, doch Max hat sich vor dessen Angriff geworden und dies war der Grund, dass Max seine Erinnerungen und seine menschliche Gestalt verlor und somit zum Geckarbor wurde. Er versucht nun mittels vieler Täuschungen, Max zur Aufgabe zu bringen, doch Max fällt nicht mehr auf diese herein. Zusammen mit Jimmy und Cresselia können sie Darkrai bezwingen, doch er versucht in eine andere Zeit zu fliehen. Bevor er aber entkommen kann, stößt Palkia hinzu und setzt Darkrai einen Schlag nach, während dieser sich im Zeittunnel befindet. Mit Max als Präzedenz-Fall liegt die Vermutung nahe, dass Darkrais Erinnerungen durch diesen Angriff ebenso verloren gegangen sind und er daher ohne Erinnerung in irgendeiner Zeit landen wird.
Die Albtraum-Welle findet ihr Ende und die Pokémon erwachen aus diesen. Das Team Mystery wird als berühmtes Erkundungsteam gefeiert, welches nachwievor Aufträge der Knuddeluff-Gilde entgegennimmt, aber auch private annimmt. Unterdessen hat sich Max in Erinnerung an seinen früheren Freund zu einem Reptain weiterentwickelt, während Jimmy ein Panflam blieb.
Sie folgen der Bitte einer Robball namens Marin, die das Team darum bittet, dass es ihrem Bruder Vernunft einredet, der wie ein Besessener trainiert, um ebenso berühmt zu werden wie das Team Mystery.
Während Max und Jimmy Bekanntschaft mit dem Karnimani Ironhard, kurz Iro, macht, wird seine Schwester von einem Entführer-Ring verschleppt. Das Team und Iro begeben sich auf die Rettung der Opfer. Ironhard kann es dabei mit enormer Kraft sowohl mit einem Stahlos als auch einem Bibor aufnehmen und beeindruckt so sowohl Jimmy als auch Max, als sie sich zusammen dem Anführer des Ringes stellen. Zu dritt überwältigen sie ihn und können die Entführten retten.
Obwohl Ironhard zugibt, dass er seine Kraft lieber dazu nutzen will, um seine Schwester zu beschützen, sind Max und Jimmy von dessen Kühnheit und Stärke überzeugt und können ihn davon überzeugen, doch noch ihrem Team beizutreten. Iro nimmt dieses Angebot begeistert an, während sich seine Schwester trotz ihrer Bedenken für ihn freut. Kurz darauf entwickelt sich Iro direkt zu einem Impergator weiter und ist fortan schlagkräftiges Mitglied des Team Mystery.
